孔秦之争起源：孔丹行事非常低调，任职三十年间几乎从未接受媒体采访，因此还曾被舆论称为“中信最神秘的领导人”。2010年从中信集团董事长、党委书记的位置上退下来后，他更是从媒体的聚光灯中彻底隐退。殊不知，从2013年开始，孔丹却陷入了一场舆论漩涡中。这件事情源起于2012年北京四中部分校友的一次聚会。在这次聚会上发生了一场争论，经演绎传播后成为了“秦孔骂架”，在网络上四处流传，尤其是被香港媒体广泛报道。
在媒体报道中，一位“普世同志”与“官员同志”就价值观展开了激烈论争。“普世同志”被指是原招商局集团董事长、招商银行董事长秦晓，“官员同志”则被指是孔丹。 他们两人是北京四中的同学，都是高干子弟，都是当年为数不多的中学生党员。在文革初期，北京四中成立了首都红卫兵西城纠察队，简称“西纠”。孔丹任西纠总部司令，秦晓则是西纠总部宣传部长。两人都曾在文革中上山下乡，后来也都在体制内的大型金融投资类国企任职高管。
孔丹回应秦孔之争
“我们从小就是铁哥们。”孔丹说。际遇类似，机缘却各异，由此迸发的思想火花也大相径庭，乃至南辕北辙。2010年，时任招商局集团董事长的秦晓在清华大学作过一场演讲。秦晓说，“我们所讲的社会转型不是中国语境中的‘现代化建设’‘国强民富’‘大国崛起’，而是现代性社会的构建。现代性社会是相对于传统社会而言的，它的主要标志是以‘启蒙价值’，即自由、理性、个人权利为价值支撑的，以市场经济、民主政治、法治社会为制度框架的民族国家。”
孔丹回应秦孔之争
他还批评了“中国模式论”，并希望“清华学子能秉承普世价值，担当起开创中国现代化之路的历史重任”。孔丹对《中国新闻周刊》坦言，秦晓提出的“普世价值论”，是两人政见不合的原因所在。“他曾去英国剑桥大学读经济学博士，所以完全接受了西方的价值理论。我认为，无论做什么，都不要忽视中国的现实问题，都要结合中国国情实际。”
对于网上流传的“秦孔骂架”的事件，孔丹承认，那天在校友聚会上确实发生过争论，不过，没有像网传的那样的“粗口成章”。对于一场那么严肃的论争，竟然采用这样的一种方式解读，张冠李戴，无中生有，说重一点儿就是信口雌黄。这样的传言就是意图贬损我的人格，这是不是很有点文革遗风？”后来，在又一次聚会中，孔丹和秦晓再次相遇，彼此对网上的流言，都感觉很无奈。
