周恩来有一次在接见沈醉时，特地对他说：军统和中统等特务机关搞的那套把戏，他知道不少，不过不能串联起来，有些关键问题还不十分清楚，所以希望沈醉把这些内幕如实地写出来。临别，周恩来握着沈醉的手还吩咐了一句：“我等着看你的东西”（《军统内幕》前言）。
周恩来是中共特科和隐蔽战线的创始人，建立了一整套完整、严密的中共隐蔽战线组织系统和保密制度，连军统、中统都曾仿效过。周恩来说“知道不少”，但“还不十分清楚”，这“不十分清楚”的“内幕”，指的就是军统自己一套隐秘的保密制度。
沈醉18岁即参加军统，从行动员干起，28岁成为军统局少将总务处长，他虽不是军统草创时期的“十人团”成员，但也是资历甚深的老人。从他出版的《军统内幕》等有关军统的书籍看，他也并没有系统、完整地叙述有关军统内部的保密制度。因为军统有一个极严厉的规定，即各部门之间尤其是行动部门之间不许有横向的关系，相互之间不能够串联。这样做的好处是，一个组被发现，无碍其他部门，缺点是没有互相通气，行动单位往往撞车或误会。军统曾发生过行动组间互以为中共地下组织，相互打入后，却发现是自己人的闹剧。
在军统内部为了自我保护，从局领导到一般行动特务，都有化名，尤其往来发电报，也署化名。戴笠经常更换化名，据台湾出版的《戴笠先生与抗战史料汇编》披露，戴笠的化名有27个之多，郑介民、毛人凤则固定使用“杰夫”“以炎”的化名，唐纵则使用他的别号“乃健”。下手令、批阅公文、对外行文都使用化名。
军统局的机关甚至有些公开单位也并不挂牌，对外称呼各种公馆等，给人的印象根本不是特务机关。除领导人外，一般行动特务也必须使用化名。至于蒋介石，军统内部文件、电文、档案、命令中从不会提到他的名字，只能见到“奉谕速办”“奉口谕”等字样。蒋介石给军统下达的暗杀任务等，从军统档案中完全见不到军统的重大行动到底是奉谁的“谕”，军统报送蒋介石的情报称“报甲”（报送戴笠称“报戊”），可见其隐蔽性。
军统的人写工作日志、日记都会自觉保密。如沈醉在日记中凡提到戴笠，皆用“老板”“余先生”代称。在重大暗杀行动的高层会谈甚至文字中，对被害人的名字从不提及。如蒋介石几次召见沈醉，密谋重伤宋庆龄，行动细节都会谈，但据沈醉回忆，蒋介石没有一次提到宋庆龄的名字，可见蒋介石不授人以柄的隐秘行径；在蒋介石召见毛人凤，交办暗杀李宗仁之事时，也只字未提李宗仁的名字。军统各种电文、文件等行文，有自己惯用的行文语言，颇具隐蔽性和特殊性。
戴笠和军统十大女特工合影（其中包括中共特务张露萍）
电报本身也分级，最高密级是戴笠亲译。如他与胡宗南、汤恩伯等人之间的电报往来皆用单编密码本。即便是最高密级，也署化名。不仅按期更换密码，有些密码只用几次就更换。一个省站就有好几套密码，密本翻译方法也经常变更。单位化名每隔不久就会重新更换一次，由局本部列表通知外勤各省站。这些密码保密措施都是针对中共的，唯恐被中共破译。
沈醉在云南任保密局专员，领导云南站工作。新中国成立前夕，云南省主席龙云决定起义，事先将沈醉等国民党驻云南军、警、宪、特首脑人物以开会为名软禁，并代沈醉拟了一份对云南军统组织的通电，要求所有军统特务自首报到，交出武器、电台。但沈醉看过后，发现通电文字与军统行文习惯不同，军统特务们看了马上就会知道并非沈醉所写，很可能产生事与愿违的后果。当然后来沈醉列名起义，将通电按军统笔法重写。由此可见，军统的保密措施连行文习惯也与国民党军政机关不同，若有人代写、冒充就会被识破。军统局曾大量招收浙江江山籍（戴笠老家）特工、译电员等，因为江山话即使是浙江人也十有八九听不懂，这是一个天然的保密屏障。
军统为保密起见，还制定了严格的纪律如“六不准”等。其一是不准擅自脱离组织，请长假亦不许可。因为军统规定，凡入军统则为终身职业。其二是不准自由向外活动，军统人员未经批准不得与中统等外单位交往，私自往来要受纪律处罚直至以泄密罪论处。其三是不准外宿。军统机关为防止泄密，严格规定每周只能有一天回家外宿，违者严惩。其出发点都是为维护军统的隐蔽性。
在特务处时期，戴笠制定《组织纪律条令》，规定不准会客、泄露办公地址，通信需要转交，电话保密，家属不准使用机关电话等，其后一直沿用，并不断完善。1939年戴笠还撰写《政治侦探》一书，专有“政治侦探之‘铁的纪律’”一章，书后还附有“政治侦探法草案”一章，再三强调“机密”为特工工作最重要的特点，也成为军统保密制度的宗旨。
军统唯恐外界知道它的隐秘，戒备十分森严。一旦涉足，后果非常严重。抗战胜利后，有4个学生放假到重庆歌乐山游玩，结果误入军统中美合作所禁区，马上被逮捕。尽管后来查明4人并非中共人员，但唯恐放出去泄露军统禁区秘密，一直秘密关押在军统局监狱，新中国成立前大屠杀时被毛人凤下令屠杀。可见军统为了保密，不惜草菅人命。
为了严格执行军统局的保密规定，它还制定更为绝密、范围更小的秘密规定，如内部监视制度。军统局本身设有督察部门，负责公开监视军统人员和执行纪律。戴笠还单线设立监视网，如副手监视一把手，秘书、内勤监视副手，报务员监视所有主管等。甚至军统人员夫妻之间也负有监视对方的责任。军统有严酷的“家法”，凡违反制度、违反纪律者，会马上拘捕，经军统局司法科审讯，判刑后送到军统局监狱（军统人员判刑入狱后也负有任务，监视同监牢的中共党员），被判枪决的军统特务由军统执法队执行。正因为军统内部制度之严，很多军统特务时时胆战心惊。张蔚林在军统电讯总台潜伏，因烧坏电台发报用电子管被关禁闭，惊慌中跑出单位找叶剑英请示如何办（这其实严重违反了地下工作的纪律）。叶剑英分析：这是事故，至多纪律处罚，让他回去。但等他回到机关，军统局已发现他逃跑，故而搜查他的宿舍，发现了线索。张蔚林被捕，继而牵连整个潜伏小组被破获。这个事例一则说明军统保密制度很严格，二则说明张蔚林没有经验。如果张蔚林不跑出去请示，主动申报，至多数月半年军统内部服刑，不会暴露自己及全组同志。
真实的女特务照片，和电视剧里的形象相去甚远
