导演：在康雍乾三朝，准噶尔部野性难驯，始终是大清北部的边患。虽然康熙和雍正持续被西北用兵，但是并没有铲除准噶尔的威胁，最终在乾隆的精心准备下，清军最终将准噶尔打败，乾隆在给前线将领的秘旨中，下令将准噶尔部全部灭族。
明末清初之际，大清的注意力始终是在嘉峪关以东的中原汉地，后来三藩之乱爆发，大清又花了8年时间才将叛乱平定，而在西北地区，一个强大的蒙古部落悄然崛起。那就是准噶尔可汗噶尔丹。
噶尔丹是准噶尔首领巴图尔珲台吉第六子，早年他在西藏跟随达赖喇嘛学习佛法和其间与桑结嘉措结为好友。当时准噶尔部名义上臣服于清朝，1671年，噶尔丹被推为准噶尔部的首领。1672年，噶尔丹上疏清廷，请求照常例遣使入贡，清廷允准。
噶尔丹野心勃勃，希望能够重现铁木真一统蒙古，征服世界的雄心，于是他四处兼并周围的们蒙古部落，1678年，噶尔丹统一了天山以北的草原地区，厄鲁特诸部都听从他的号令。在噶尔丹请求下，康熙赐予他“博硕克图汗”的称号。此后，噶尔丹向东攻取哈密和吐鲁番，向西臣服哈萨克诸部。1682年，率领大军攻灭天山以南的叶尔羌汗国。 1685年，他攻占安集延，臣服吉尔吉斯。
此时大清的康熙对准噶尔的崛起非常警惕，他加紧处理手头上的三件事：三藩，台湾和沙俄，终于在1681年将三藩之乱平定。而1683年康熙派降将施琅为福建水师提督攻克台湾。1685年 康熙派遣彭春率领清军3,000人围攻雅克萨，1686年派萨布素第二次攻打雅克萨，最终双方同意和谈，签订了《尼布楚条约》，在条约中，康熙除将黑龙江左岸和额尔古纳河左岸大片土地被划归中国之外，还要求俄罗斯不再支持准噶尔部，而俄罗斯则以在北京设立使馆，和在中国通商为条件予以同意。
康熙在处理完三藩，台湾郑氏，还有俄罗斯之后，终于可以腾出手解决噶尔丹了。
而此时天不助噶尔丹，1688噶尔丹出兵进攻喀尔喀蒙古，在击败喀尔喀首领土谢图汗后，借口追击土谢图汗部余众，进军内蒙古威胁蒙古诸部。此时，留守本部的侄子策妄阿拉布坦乘虚而入，占据了准噶尔本土。后路被断的噶尔丹只得一股作气，与清朝争夺水草丰满的漠南地区。康熙帝为确保京师安全和边疆安定，1690年4月，出兵今内蒙古乌兰浩特地区驻防。 准噶尔部和清军的第一战，清军被打败。6月21日， 噶尔丹率军兵锋直指据北京仅有700里的乌兰布通，并拒绝清朝的提和，向其使者表示：“圣上君南方，我长北方”。最终双发在乌兰布通爆发大战。
乌兰布通之战，噶尔丹将骆驼围成数里，上面覆盖箱垛，名为“驼城”。士兵依托箱垛，发射弓矢。清朝国舅、都统佟国纲率左翼兵，绕过湖泊，沿河冲锋，身先士卒，冲击驼城，被准噶尔军以俄国滑膛枪击毙。其弟佟国维由山腰冲入，炮击驼城，驼惊，准军大败。噶尔丹兵奔往山顶大营，当夜逃遁，同时派人议和。福全中计，令各路领兵大臣“暂止追击”。噶尔丹仅率数千人得以逃回科布多。
1691年，噶尔丹受到策妄阿拉布坦的突然袭击， 损失惨重，后来与之议和。1695年，经过数年的休养，噶尔丹再次进军喀尔喀。1696年，康熙帝亲自率军与其决战于昭莫多，获决定性胜利。康熙率军一路追击到西北，噶尔丹走投无路，最终暴死。
作为噶尔丹的侄子，策妄阿拉布坦比之野心更加膨胀，他首先在1699年征服了哈萨克，然后在西域地区建立了强大的统治力量，同时在1717年，策妄阿拉布坦遣大策零敦多布以省亲之名，率6000军从和阗出发，昼伏夜行，自今新藏公路一线入藏，奇袭拉藏汗。最终攻下拉萨，将西藏也纳入自己的统治。
西藏喇嘛在蒙古部落中拥有强大的号召力，康熙于是1718年，清廷自四川出兵，但是被大策零顿多布击败。1720年，清廷再度发兵平叛，以恂勤王胤禵为抚远大将军统领各军，年羹尧为四川总督负责后勤保障，出兵三路。10月16日，大策凌敦多布兵败逃走，清军夺回了西藏。
康熙去世后，雍正继续和噶尔丹大战，1723年，策妄阿拉布坦支持罗卜藏丹津在青海发动叛乱，但是不久即被年羹尧平定。雍正一时也对策妄阿拉布坦无可奈何，最终双方休战议和。而策妄阿拉布坦也于1727年去世。
策妄阿拉布坦死后，噶尔丹策零即位，此时俄罗斯在中亚已经进行了极为有效的渗透，而噶尔丹策零一边和俄罗斯进行贸易，也从它那里获得了大量的新式武器，甚至还建立了1000人左右的炮兵部队，而此时雍正的大将年羹尧已经被雍正降罪，此时清朝开始主动出击对准噶尔部进行征伐，从1729-1733年准噶尔遣使求和止，历时4年半，经历四次大战，即科舍图之战、和通泊之战、鄂登楚勒之战和光显寺之战。 其中科舍图之战，准军偷袭成功；和通泊之战，清军统帅傅尔丹全军覆没；鄂登楚勒之战，噶尔丹策零亲征外蒙古，被土谢图汗部击败；光显寺之战，清军最终将准噶尔部歼灭大半。而雍正也因为年年用兵，加上身染重病，和准噶尔议和，双方以阿尔泰山为界。休兵二十五年。
乾隆十年（1745年），准噶尔爆发瘟疫，噶尔丹策零病死，准噶尔部陷入了内乱， 原本附属于准噶尔的各部落纷纷投向清朝。1752年达瓦齐在阿睦尔撒纳的支持下继承汗位。不久达瓦齐与阿睦尔撒纳反目相攻。阿睦尔撒纳投奔清朝，并将准噶尔虚实悉数禀告清廷。乾隆皇帝认为攻灭准噶尔时机已到，谓之“天与人归，机不可失”，于乾隆二十年（1755年）春发兵出征准噶尔，其后清军进占伊犁。达瓦齐众叛亲离，准噶尔降臣阿玉锡带领清军二十五人夜袭达瓦齐大营，准军惊溃，数千人不战自降。达瓦齐仅带少数人仓皇南逃。六月，达瓦齐被清军抓获，准噶尔汗国灭亡。达瓦齐被送往热河朝觐乾隆皇帝，被封为“绰罗斯和硕亲王”，居于京师。
清军平定伊犁后，西征大军陆续撤回内地，仅留少量兵力驻防伊犁、乌鲁木齐等地。阿睦尔撒纳野心逐渐显露，最终发动反叛，而投降的各个准噶尔部落多有响应。 清军迅速回调部队，将准噶尔部依次平定，乾隆二十一年三月，阿睦尔撒纳被清军击败，同年冬，在俄国支持下阿睦尔撒纳称汗于塔城。次年阿睦尔撒纳再次为清军击败，走投无路下进入哈萨克汗国寻求庇护，后因为哈萨克汗归降于乾隆，再流亡俄国西伯利亚，被西伯利亚总督窝藏在一个酒厂中，不久中天花病死。
清兵占领西域后，准噶尔下属部落头领时叛时降，反复无常，使清军损兵折将。乾隆皇帝因此认为其“豺狼成性” ，命令兆惠将叛乱部落尽行剿灭，“永绝根株”。除病死或逃往国外的以外，数十万准噶尔人遭到屠杀。据魏源记载：“计数十万户中，先痘死者十之四，继窜入俄罗斯哈萨克者十之二，卒歼于大兵者十之三。除妇孺充赏外，至今惟来降受屯之厄鲁特若干户，编设佐领昂吉，此外数千里间，无瓦剌一毡帐。”昭梿的描写更加夸张：“凡病死者十之三；逃入俄罗斯、哈萨克者十之三，为我兵杀者十之五，数千里内遂无一人”。留下的空地由大量移民填充。
乾隆的这一政策虽然短期内阻止了分裂势力，但是大量的穆斯林迅速填补了藏传佛教的地位，导致天山南北的佛教文化不到30年就消失无踪。在道光之后形成了非常麻烦的民族冲突问题。
