乾隆年间，准噶尔部内乱迭起，部众离心，清政府把握战机，大军分两路西进，途中准噶尔部众闻风归附，最终灭亡了新疆的地方政权，在收复北疆的基础上，清军乘胜南进平定了南疆的反抗，完成了对天山南北的统一。将广袤的新疆直接置于清朝中央的有效管辖之下，使新疆与内地空前紧密地结成一体。
从国内全局的角度看，新疆的地理位置东捍长城，南连西藏，西控葱岭，恰处在西部陆疆与北部陆疆的结合点上，新疆的形势动向，安危盛哀，不仅关系当地本身的发展，对周围相邻的蒙古、青海、西藏等边疆地区也有举足轻重的影响，进而牵动全国大局。
从对外关系上看，统一后的新疆北邻沙俄，西接中亚，处在维护国家安全和疆域完整的国防第一线，堪称“西北屏障”“北门锁钥”。
如此重要的战略地位，客观上也要求清政府立足久远，妥善规划这一地区的经营治理，巩固统一成果。当时清政府在新疆设立了伊犁将军，将军府设在惠远城，伊犁将军成为清朝官方在新疆的最高军事、行政长官，受权总揽全疆军政事务，自然伊犁也就成为新疆的政治中心。
伊犁将军之下，设都统、参赞大臣、办事大臣、领队大臣等职，分驻南北疆各城管理当地军政事务，并从全国各地抽调满蒙八旗及绿营兵在全疆分布驻防。当时清朝在天山南北各城都驻扎军队，其中尤以伊犁为多，在伊犁先后修建九城，惠远城最大。
当时清政府主要是出政治与军事防御的因素。伊犁水草丰美，既可发展农业，也可以发展畜牧业，长期为准噶尔部的大本营。
清政府确定伊犁为统治中心，一是出于政治稳定的需要，为防止准噶尔叛乱势力死灰复燃、东山再起，因此必须要加强对伊犁地区的管控。
二是是新疆正面临着强敌沙俄扩张势力的威胁，出于军事防御的需要，必须要重兵驻扎，严防沙俄蚕食侵略。
三是从地理上看，伊犁当时正处在整个新疆的中心位置，清在伊犁设将军，在乌鲁木齐设都统，在喀什噶尔设参赞大臣，这样形成三足鼎立之势，可以相互驰援。同时这里水资源丰富，伊犁河支流纵横、土地肥沃，可发展农业，大量屯兵自守，减少军费开支。
一个地方成为行政中心之后，工商业必然会发生的，逐渐演变为综合性的城市。由于在伊犁立军府，驻重兵，开屯垦，修水利，兴贸易，惠远城很快地繁荣起来，有小北京之称。
1864 年，新疆天山爆发叛乱。不久惠远城被攻陷，新疆出现地方封建政权割据局面。1871 年，沙俄趁机出兵侵占伊犁，声称替清政府代管，一旦收复新疆当即交换。
后来左宗棠带领湘军收复了新疆后，中俄经过多年谈判，签订《中俄伊犁条约》，在清朝同意割让霍尔果斯以西 7 万多平方公里的土地和赔偿 900 万卢布等条件后，沙俄交还伊犁。
战乱中，伊犁遭到沙俄有计划的劫掠。估计先后被掳掠至沙俄的伊犁人口在7万人以上，就连沙俄官方自己也承认，从中国伊犁掠来的人口相当于25年间从俄国内地移民到斜米列契省的总和。
1882 年 ，清朝收复被沙俄侵占 10 年之久的伊犁城，但是归还后的伊犁已是人口凋敝、满目疮痍。
由于不平等的边界条约，沙俄侵占了西北44万平方公里的土地。伊犁不再处于新疆的中心地带，变成了边界上孤城。同时几乎无法防备沙俄的入侵，在这种情况下，新疆的政治中心不得不迁到更为安全的地带。
1884 年新疆建省，省会设在乌鲁木齐，至此新疆的统治中心由伊犁迁至乌鲁木齐。
乌鲁木齐的地理位置处于南北疆的交通枢纽线上。在这里，政治的影响、商业和交通的需要，都显得很重要。同时乌鲁木齐是仅次于伊犁惠远城的新疆第二大政治、经济中心。
乌鲁木齐在北疆仅次于伊犁的重要城市。由于地处交通要道和移民集中的关系，乌鲁木齐不但筑城较早而且发展快，规模和繁华程度都居北路首位。
不得不说，新疆省会从伊犁到乌鲁木齐，和我们友好邻居俄罗斯有着莫大的关系。
道光年间，林则徐被流放至新疆数年，经过考察断定：“终为中国患者，其俄罗斯乎”？
历史的事实，告诉林公的断论是正确的。沙俄擅长于领土的鲸吞，也精通于领土的蚕食，从不疲倦。试看清朝和今天的地图对比，中国领土丧于俄罗斯之手比比皆是，这种伤害犹如断损肢体，不可复生，比日本侵华战争后果要严重百倍。
